曾名「白鶴南翔寺」「南翔寺」「雲翔寺」，與南市「留雲禪寺」合併為現「留雲禪寺」，位於嘉定區南翔鎮人民街100號。
南翔寺始建于南北朝梁天監四年（505），因有白鶴落腳於此，而由德齊和尚募建成寺，寺成之日，白鶴南飛，此即命名為「白鶴南翔寺」。此後，因寺而成市，商賈雲集，匯而成鎮，甲于四方，成為江南名鎮。唐開成年間（836—840），由行齊和尚募化，大護法莫少卿舍淨財重修之，寺基擴至180畝，在籍僧伽700多人，殿宇恢宏，樓閣紛呈，成為南翔寺之中興。唐咸通、乾符年間（860—879），增建尊勝陀羅尼石經幢二座（現存放于南翔古猗園內）。唐武宗滅佛（842—845），寺被毀焉
唯五代吳越王錢鏐、錢椒，世崇佛法，吉光片羽，猶有存者，故而後周亡宋興，佛教中興，並在五代北宋之際（907—1126），重建山門，山門前兩側同時建築兩座磚塔，成為上海古塔中的最古老者。塔前豎有石碑、銘刻有時年107歲的蘇局仙手書「南翔雙塔」四字。1986年對雙塔全面修復，現雙塔高11米，灰磚砌築，仿木結構樓閣式，八面七層，塔底層直徑1.86米，每級四面為壺門，四面為直欞窗，設腰簷、平座、欄板；簷下施五鋪作單抄單昂斗拱，八角形攢尖灰瓦頂，頂上立相輪、刹杆，寶珠構成的鐵鑄塔刹，古樸秀美、玲瓏典雅
南宋嘉定十五年（1222）建普同石塔一座，塔高2米餘，塔身為六角形，採用多塊精緻石刻堆砌，基座運用覆蓮作須彌座裝飾，塔基上多以寶蓋，以仰蓮承受各層塔座，塔身鐫如來佛像和各式花紋文字等。普同塔原坐落于南翔寺九品觀的荷花池中，現存放于南翔古猗園荷花池中。南宋紹定、端平年間（1228—1233），理宗趙昀命丞相鄭清之作書，賜「南翔寺」題匾，從此將「白鶴南翔寺」改稱為「南翔寺」。
明初，姚廣孝曾來寺題七律《題南翔寺詩》。此後成為燕王朱棣主錄僧的姚廣孝，14歲在長洲（現蘇州）妙智庵出家為僧，據《吳越訪古錄》載姚廣孝出家後常往來家鄉周邊同裡慧日懺院等寺院參拜，終於明洪武十三年（1380）于47歲時在南京得見燕王朱棣並成為其心腹幕僚。明正統年間，江南巡撫周忱以自俸所蓄，號召地方士紳捐資重修雲翔寺；明萬曆年間徽商任良佑耗其全資十之六七，重修雲翔寺。莫少卿、周忱、任良佑三位護法同列畫像於大殿外側廊壁上，以彰其德。直至清初，雲翔寺尚具規模。清朝康熙四十二年（1702），在南翔寺出家的敏膺和尚在華山遇到康熙帝，兩人相談甚歡，後敏膺上北京叩見康熙，被康熙賜號「香域禪師」。敏膺請求康熙親筆為「南翔寺」題額，康熙帝親書「雲翔寺」，「南翔寺」從此更名為「雲翔寺」。
明清時代的雲翔寺，前有封家浜，左倚橫瀝，右靠釣浦，後枕師姑浜，以四水為濠，先後共有七座石橋與外界相聯，圍以堅壁四梁，內聚偌大的寺廟建築群落，長年積貯大量的糧油物資，完全有固守一時之能力，每遇小型股匪騷擾，自然成為遠近鄉民的暫避待援之所。清乾隆三十一年（1767）雲翔寺遭遇大火，特別是咸豐、同治年間（1851—1875）的浩劫，太平軍將雲翔寺夷為平地，除宋代雙塔，唐代石經幢外無跡可尋。
1998年，經政府批准，在南翔恢復已經毀損了二百多年的雲翔寺，並由中國佛教協會會長趙朴初居士為「雲翔寺」題匾額。上海南市區原有座創建於清光緒二年（1876）的留雲寺，抗戰時期毀於戰火。2001年，留雲寺第六代傳人、臺灣悟明長老倡議重建留雲寺，上海佛教界集合眾議，決定由慧禪法師受命在南翔古鎮原址西移60米重建留雲禪寺，使雲翔寺與留雲寺合而為一，續接香火。歷時三年又五月，仿唐式建築留雲禪寺於2004年建成，總占地面積一公頃，寺廟面積和建築規模在上海寺廟中堪稱第一。
世界佛教僧伽聯合會名譽會長、臺灣海明禪寺法主和尚悟明長老題寫「留雲禪寺」匾額。中國佛教協會副會長、上海佛教協會會長、上海玉佛寺方丈覺醒大和尚題寫山門聯「雲留雲翔領略幾許禪機此地有雲散天開真如界；塔內塔外普示無邊圓覺是故曰塔影雙照解脫門。」上聯暗喻留雲寺與雲翔寺的隆重合併，下聯暗指五代磚塔的千年滄桑，是為一絕！
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